La plupart des poissons cités (Apron, Lotte de rivière, Loche franche, Lamproie, Barbeau méridional et Toxostome) sont des espèces vulnérables. L'anthropisation des cours d'eau a conduit à la diminution de leurs effectifs. En effet, la fragmentation des habitats couplée à la pollution à entraîné : une déconnexion amont-aval, la dégradation des habitats aquatiques et ainsi la chute des populations des espèces les plus fragiles. Concernant quelques espèces de poissons cités ci-dessus :
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L'Apron (
Zingel asper) : ce poisson appartient à la famille des percidae. Avant la dégradation de son aire de répartition, on le trouvait sur le bassin du Rhône, du Doubs et de la Saône. A présent, on ne le trouve plus que sur le bassin de l'Ardèche et de la Durance. Les nombreux barrages et seuils ont déconnectés les milieux et ont ainsi empêché les migrations amont-aval de l'Apron. De plus, la modification du substrat des cours d'eaux avec notamment les exctractions ont détruit ces frayères. Actuellement, plusieurs études sont menées sur ce poisson dont une dans le cadre d'un programme Life. Le but étant de restaurer son habitat et de décloisonner le milieu en rendant par exemple des seuils franchissables.
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Lamproie : sur le territoire français on peut trouver 3 espèces de lamproies .
Tout d'abord, la
Lamproie de Planer (
Lampetra planeri).
Cette espèce vit dans les têtes de bassin et les petits ruisseaux. Ces effectifs sont un peu en baisse mais beaucoup moins que les 2 autres espèces de lamproies. Les principales causes de la diminution des populations sont la pollution et la dégradation de ces habitats.
Les deux autres espèces de Lamproie sont des espèces dites anadromes. C'est-à-dire qu'elles effectuent leur croissance en mer et qu'elles viennent se reproduire en eau douce (comme le Saumon atlantique). On trouve la
Lamproie de rivière (
Lampetra fluviatilis)
et la
Lamproie marine (
Petromyzon marinus).
Les effectifs de ces deux espèces sont en chute libre. La principale raison est l'aménagement des cours d'eau avec la mise en place des nombreux barrages. Ceux-ci déconnectent les milieux et empêchent la migration des poissons. Ainsi, les lamproies ne peuvent plus venir se reproduire en eau douce (en effet elles ne peuvent atteindre les rivières) et donc le renouvellement des populations ne peut s'effectuer.
Plusieurs études sont en cours pour améliorer les migrations de ces poissons avec notamment la mise en place de dispositifs de franchissement des barrages. Cependant, ceux-ci ne sont actuellement pas efficaces.
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Le barbeau méridional (
Barbus meridionalis) :
c'est une espèce endémique du Sud de la France et du Nord-Est de l'Espagne. Il est plus petit que le barbeau fluviatile et sa robe est tâchetée. Son aire de répartition est actuellement en déclin. On peut citer 2 raisons principales. La première concerne comme l'apron et les lamproies la dégradation des ces habitats due aux activités humaines (barrages, pollution, extraction en lit mineur). La deuxième raison est "la cause" du barbeau fluviatile. En effet ce dernier colonise les mêmes milieux que le barbeau méridional et du coup il s'hybride avec lui. Cette hybridation entraîne la perte du patrimoine génétique et du coup la souche méridionale est entrain de disparaître. Plusieurs études sont en cours pour redynamiser les populations du barbeau méridional, notamment dans le département du Var.